超速离心法是最常用的外泌体纯化手段，在以蜀科低速离心机离心除去掉死亡细胞和细胞碎片后，就通过蜀科高速离心机将大小相同的囊泡颗粒从可溶性分子如游离蛋白质和蛋白质复合物中沉淀并纯化出来。重要的是，随后要用PBS或新鲜生长培养基至少一次的清洗外泌体，从而来减少其中游离的残存蛋白。此外，所有离心步骤必须在4°C下进行，借此来保持蛋白酶、DNase和RNases处于非活性状态，也就是必须使用蜀科的冷冻实验室离心机。

通常超速离心也会与蔗糖密度梯度（其密度从低到高的连续分布）或蔗糖垫（30% sucrose cushion）组合使用，即在离心机中以100,000-200,000 x g离心沉淀（含有外泌体）120分钟，可使样品中的外泌体应将以1.13-1.19g/mL的蔗糖密度范围内进行富集。

尽管这种强强联手的方法可以获得高度纯化的外泌体，但也存在一些缺点。确实，超速离心的过程耗时耗力，且需要耗费大量的原料。而最大的缺陷在于重复离心操作很有可能对外泌体的囊泡造成损害从而降低其质量，又或者样品中的可溶性蛋白可能与外泌体一起形成聚集体和团块进而产生污染。

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